对于豪绅的抵抗，张居正以强硬手段应对，甚至动用地方军队；对待不作为的官员，张居正用考成法撤职查办，毫不留情。可对于那些虚构多报田亩数的官员，张居正感到棘手。他们不是不工作，而且工作起来非常卖力，竟然把一些荒田都强塞到豪绅名下。更有一种伶俐的官员，把原来的亩数缩小，反过来就增加了耕田的亩数。豪绅们自然不干，闹得鸡飞狗跳，这些官员就请求派军队协助。由此可知，清丈田亩开始时，大明帝国各地都鬼哭狼嚎，毫无和谐可言。
张居正和他的内阁同僚开会商议，张四维一言不发，只有申时行侃侃而谈。申时行说：“清丈田亩的出发点是好的，可官员们一执行起来就出事。为什么那么多官员急功近利？一是他们心怀鬼胎想取悦张阁老，另一方面就是严苛的考成法，逼迫他们不得不看上去很努力。”
