图4.4 清华大学组织系统图（1927—1937）
资料来源：根据清华大学校史编写组。清华大学校史稿[M].北京：中华书局，1991：135-136页内容整理.
综上所述，这一时期，国民政府强调对高等学校实行集中统一领导，同时，国民政府有意提升学校行政权力，保证国民政府对大学的控制。但是北京大学、清华大学的学术权力并没有减弱，大学学术人员在基本学术事务上依然享有民国时期的权力，清华大学甚至出现组织权力重心下移，教授治校的倾向。
4.3.2国家主义与自由主义并存的组织文化
国民政府时期，国民党开始重建国家权威。其主要措施是加强对社会思想的整肃和控制，实行文化教育上的一党专政。国民党提出了党化教育和三民主义的教育方针，把国民党党义作为大学必修课，建立训育制度，实行大学教员资格审查等。尽管如此，由于民主主义、自由主义思想深入人心，一些著名大学如北大、清华、中央大学、南开大学、浙江大学等在办学过程中已经形成了自由自治的传统，国民党的专制思想和行为遭到知识分子的强烈抨击和抵制。[6]因此“兼容并包，思想自由”的大学组织文化在这个时期仍然延续下来，在不同大学和大学的不同时期顽强地表现出来。国民政府时期的大学以服务国家为最高使命，以培养能治学、治事、治人的通才与专才为目标，教授治校、自由自治的文化传统在大学得以一定程度的保存。