教会视察仅仅是临时采用的一种特殊措施，其本身尚不具备重新组建教会的目的。但是，随着教会管理和组织工作的开展，一种与天主教会大相迥异的新的教会便逐渐成形了。特别是萨克森选侯将教会事务完全纳入了政府管辖范围。他撤销了原有的主教辖区，将萨克森选侯邦重新划分为若干新区，每个区设“督察”1人，总揽宗教事务，直接对选侯负责，但不能干预区长的行政权。萨克森选侯还在本邦的一些城市中设立负责跨地区事务的“督察”，任命维登贝格大学神学家、城市教堂牧师约翰内斯·布根哈根（Johannes Bugenhagen，1485—1558）担任总督察，负责委派教士、监督礼拜等事宜；教会经济事务则由选侯直接处理，选侯甚至有权决定教会教义和礼拜仪式。
对于选侯的任性，路德并没有提出严正抗议。他只是坚持由教会处理婚姻和家庭纠纷事务的主张，也劝告选侯把没收而来的天主教会财产用于创办教育事业上，举办神学院或其他宗教学校（主日学、查经班、学道班等），培养专职教牧人员，并对一般信徒进行宗教教育。后来，在1539—1542年，仿效苏黎世的婚姻法庭，萨克森选侯约翰·弗里德里希一世（Johann Friedrich I.，1503—1554）设立了一个由法学家和神学家组成的专门处理教徒婚姻和家庭纠纷事务的教会监理会（Konsistorium），逐渐地，该监理会也接管了原先由主教管辖的其他事务。