在充分认识到教会学校的侵略性的同时，我们也需注意：虽然教会是维护西方宗教意识形态的堡垒，但不能把西方教会与教会办的学校完全等同起来，简单地视之为传教士自我封闭的神学阵地。相反，教会学校为基督教本身的理性化和世俗化开辟了道路。
教会学校在中国晚清史上的积极作用至少有这样几点：
第一，它加速了旧中国传统文化的保守、腐朽成分的崩溃。教会学校在中国出现，迫使人们承认另一种文化的存在。透过教会学校这一特殊的代表西方文化的“窗口”，使人们重新评价中国传统文化有了一个新的参照系，改变了国人过去那种盲目自大的态度，而且促使人们认识到变革的必要性和迫切性。
第二，它冲击了中国旧式教育制度，使旧式的学塾和书院让位于新式的学校。在某种意义上说教会学校开中国新式教育风气之先河。
第三，它带来了一些西方教育思想，如培养通才的价值观念、知识结构和素质的要求，反映了新兴工业社会的要求。教会学校的教学方法反映了资本主义自由竞争的原则，倡导个人独立钻研，主张学术自由。
第四，它的学科设置打破了中国封建书院制度的狭隘性、片面性和神秘性，开设了文、理、医、工、农等各科，培养了中国近代化进程中的技术和文化骨干。它重视实用的特点，在推动中国新式女子教育、职业教育和体育教育的发展方面，起了良好的作用。